De très nombreux troubles fonctionnels apparaissent ou bien sont favorisés par des dysfonctions mécaniques articulaires ou viscérales.

Ces pathologies sont dites fonctionnelles car elles n'ont pas de caractère organique: absence de lésion, absence de caractère de gravité.

Ainsi, des dysfonctions mécaniques vertébrales peuvent être la source de nombreux troubles: céphalées et fausses migraines d’origine cervicale, certains vertiges, troubles de l'équilibre, troubles digestifs fonctionnels (nausées, digestions lentes, hyper-acidité gastrique, troubles biliaires, constipation, ballonnements, spasmes intestinaux), troubles respiratoires non organiques, dysfonctions urinaires ou gynécologiques fonctionnelles, etc. Dans tous les cas, il s'agit de diagnostics dits d'exclusion. Cela signifie que le caractère non organique de ces troubles devra être affirmé par un examen clinique et un bilan complémentaire effectué au préalable par le médecin-traitant ou le médecin-ostéopathe.

C'est seulement après avoir effectué cette enquête diagnostique que l'on pourra affirmer le caractère fonctionnel du trouble.

Lorsque ces troubles sont liés à un dysfonctionnement de la mobilité, le médecin-ostéopathe décèle certains signes physiques pathologiques dans le tissu sous-cutané, les muscles, les articulations ou les organes du patient.

L'ostéopathie myotensive ou structurelle pourra être utilisée avec efficacité dans les cas cités précédemment. Les techniques ostéopathiques dites fonctionnelles (ostéopathie viscérale, techniques de Jones, etc.) sont également indiquées pour de nombreux patients souffrant de pathologie fonctionnelle.